Program Studi Magister di Universitas Lambung Mangkurat sebetulnya sudah berdiri sejak tahun 1999. Program Studi Magister yang paling awal berdiri adalah Program Studi Magister Agronomi dengan SK DIKTI No. 189/DIKTI/KEP/1999. Pada tahun-tahun berikutnya, beberapa Program Studi Magister menyusul berdiri. Namun, sejak berdiri hingga awal 2006, semua Program Studi Magister tersebut belum dikoordinasi menjadi satu atap Program Pascasarjana.
Untuk lebih memacu perkembangan dan peningkatan mutu semua Program Studi Magister tersebut serta untuk memenuhi amanat Statuta Universitas Lambung Mangkurat, pada pertengahan 2006 dibentuklah Program Pascasarjana (yang selanjutnya disebut PPs Universitas Lambung Mangkurat) melalui SK Rektor Nomor 2005/J08.11/KP/2006. Menurut PP Nomor 60 Tahun 1999, organisasi dan tata kerja Program Pascasarjana Universitas Lambung Mangkurat dipimpin oleh seorang Direktur Program Pascasarjana yang diangkat dan diberhentikan oleh Rektor.
Sebagai konsekuensi terbentuknya Program Pascasarjana (PPs), dipilihlah Direktur dan Asisten Direktur PPs Universitas Lambung Mangkurat. Pada tanggal 27 Juli 2006, Rektor Universitas Lambung Mangkurat melantik Dr. Ir. H. Fathurrazie Shadiq, M.T. sebagai Direktur PPs Universitas Lambung Mangkurat; Prof. Dr. Samsul Wahidin, S.H., M.H. sebagai Asisten Direktur 1 yang bertanggung jawab dalam bidang akademik; dan Dr. Jumadi, M.Pd sebagai Asisten Direktur 2 yang bertanggung jawab dalam bidang administrasi keuangan. Pada tahun 2007 terjadi penggantian Asisten Direktur 1 dari Prof. Dr. Samsul Wahidin, S.H., M.H. kepada Dr. Ir. H. Yudi Firmanul Arifin, M.Sc. Pada tahun 2010 terjadi penggantian Direktur dan Asisten Direktur PPs Universitas Lambung Mangkurat. Rektor melantik Prof. Dr. Ir. Athaillah Mursyid, M.S. sebagai Direktur PPs Universitas Lambung Mangkurat; Prof. Dr. Marjatie Sangen, M.S. sebagai Asisten Direktur Bidang Keuangan dan Administrasi; Prof. Dr. Jumadi, M.Pd sebagai Asisten Direktur Bidang Akademik dan Prof. Ir. Adrias Mashuri, M.S. sebagai Asisten Bidang Perencanaan dan Kerjasama. Tahun 2011 terjadi penggantian Asisten Direktur Bidang Perencanaan dan Kerjasama dari Prof. Ir. Adrias Mashuri, M.S. kepada Prof. Dr. Ir. Akhmad Gazali, M.S. dan Asisten Direktur Bidang Akademik dari Prof. Dr. Jumadi, M.Pd kepada Prof. Dr. H. Suratno, M.Pd. Pada Bulan Juni Tahun 2015, kembali dilantik Pimpinan PPs yaitu Prof. Ir. H. Udiansyah, M.Si., Ph.D. sebagai Direktur; Dr. Ir. H. Bambang J. Priatmadi, M.P. sebagai Wakil Direktur Bidang Akademik & Kemahasiswaan; dan Prof. Dr. Dwi Atmono, M.Pd. sebagai Wakil Direktur Bidang Umum & Keuangan.
Hingga tahun 2014 PPs Universitas Lambung Mangkurat mengkoordinasi 1 Prgram Doktor yaitu: Program Doktor Ilmu Pertanian; dan 22 program studi magister, yakni Program Studi Magister Agronomi, Program Studi Magister Ilmu Hukum, Program Studi Magister Manajemen, Program Studi Magister Administrasi Publik, Program Studi Magister Sumber Daya Alam dan Lingkungan, Program Studi Magister Ilmu Kehutanan, Program Studi Magister Ekonomi Pertanian, Program Studi Magister Teknik Sipil, Program Studi Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia, Program Studi Magister Administrasi Pendidikan, Program Studi Magister Ekonomi Pembangunan, Program Studi Magister Administrasi Pembangunan, Program Studi Magister Ilmu Perikanan/Kelautan, Program Studi Magister Pendidikan Biologi, Program Studi Magister Ilmu Pemerintahan, Program Studi Magister Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial, Program Studi Magister Administrasi Bisnis, Program Studi Magister Kenotariatan, Program Studi Magister Ilmu Kesehatan Masyarakat, Program Studi Magister Pendidikan Guru PAUD, Program Studi Magister Keguruan IPA, dan Program Studi Magister Keguruan Olahraga.
Pada tahun 2015 berdasarkan SOTK Universitas Lambung Mangkurat yang baru, PPs sudah dibagi menjadi 2 Program Studi yang Mono Disiplin yang dikelola dan berada di bawah Fakultas masing-masing, dan Program studi Multi Disiplin yang berada dibawah pengelolaan langsung PPs. Adapun Program studi tersebut yaitu: Program Doktor Ilmu Pertanian, Program Studi Magister Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan, Program Studi Magister Manajemen Pendidikan dan Program Studi Magister Adminsitrasi Pembangunan.